O pobo foi fundado en tempos de Carlos III, no século XVIII, e constituído en municipio no século XIX, cando tivo o seu primeiro alcalde. Xurdiu como unha escisión de El Escorial, onde Filipe II construíu a finais do século XVI o Mosteiro do Escorial e constituíu, mediante a anexión das leiras lindeiras, o Real Sitio do mesmo nome. Na parte segregada atopábanse os principais edificios e paraxes deste Real Sitio, incluído o Mosteiro, que na actualidade áchase, xa que logo, no termo de San Lorenzo de El Escorial. Por iso é polo que o citado monumento reciba tamén o nome de Mosteiro de San Lorenzo de El Escorial.
Ao redor deste edificio, un dos principais monumentos renacentistas españois, articulouse unha potente industria turística e hostaleira, que converteu a San Lorenzo de El Escorial nun dos principais destinos da Comunidade de Madrid.