close
Sari la conținut

Transcriptom

De la Wikipedia, enciclopedia liberă

Transcriptomul este ansamblul tuturor moleculelor de ARN (transcrise) dintr-o celulă sau dintr-o populație de celule. Acesta include toate moleculele de ARN funcționale, precum și toate celelalte transcrise care pot apărea prin transcriere spurioasă sau prin transcrierea unor regiuni nefuncționale, cum ar fi pseudogenele⁠(d) sau fragmentele de virusuri. Un obiectiv major al biologiei moleculare moderne este de a determina care transcrise sunt funcționale și care reprezintă ARN rezidual (junk ARN).

Termenul transcriptom este un cuvânt-valiză (portmanteau) format din cuvintele transcript și genom; el este asociat cu procesul de producere a transcriselor în cadrul procesului biologic de transcripție. Partea funcțională a transcriptomului este dinamică — se modifică în funcție de tipul celular, stadiul de dezvoltare, mediu și stimuli — și reprezintă, prin urmare, starea activă a expresiei genice, nu secvența statică de ADN (genomul).

Transcriptomurile eucariote tind să fie mai complexe decât transcriptomurile bacteriene, iar transcriptomurile eucariotelor pluricelulare sunt și mai complexe decât cele ale eucariotelor unicelulare.

Etimologie și istorie

[modificare | modificare sursă]

Cuvântul transcriptom este un cuvânt telescopat format din termenii transcript și genom. A apărut alături de alte neologisme formate cu sufixele -om și -omică, pentru a desemna studii realizate la scară genomică în domeniile științelor vieții și tehnologiei. Astfel, transcriptomul și transcriptomica au fost printre primele concepte apărute, alături de genom și proteom.[1] Prima lucrare care a prezentat un caz de colectare a unei biblioteci de ADNc⁠(d) pentru ARN mesager (ARNm) de la viermele de mătase a fost publicată în 1979.[2] Prima lucrare fundamentală care a menționat și a investigat transcriptomul unui organism a fost publicată în 1997 și a descris 60.633 de transcrise exprimate în Saccharomyces cerevisiae⁠(d) folosind analiza serială a expresiei genice⁠(d) (SAGE).

Odată cu apariția tehnologiilor de mare capacitate (high-throughput), a bioinformaticii și a creșterii puterii de calcul, caracterizarea și analiza unor volume enorme de date au devenit din ce în ce mai eficiente și mai facile.[1] Încercările de caracterizare a transcriptomului au devenit mai proeminente odată cu apariția secvențierii automate a ADN-ului în anii 1980.[3] În anii 1990, secvențierea EST⁠(d) a fost utilizată pentru identificarea genelor și a fragmentelor acestora.[4] Ulterior, au fost dezvoltate tehnici precum analiza serială a expresiei genice (SAGE), cap analysis of gene expression⁠(d) (CAGE) și massively parallel signature sequencing⁠(d) (MPSS).

Transcripția

[modificare | modificare sursă]

Transcriptomul cuprinde toate transcrisele de acid ribonucleic (ARN) prezente într-un organism sau într-un eșantion experimental dat.[5] Componenta funcțională a transcriptomului include ARN-urile care poartă informația genetică responsabilă de procesul de transformare a ADN-ului în fenotipul unui organism. O genă dă naștere unei molecule de ARN monocatenar printr-un proces molecular cunoscut sub numele de transcripție; acest ARN este complementar catenei de ADN din care provine.[6] Enzima ARN-polimerază se atașează de catena matriță de ADN și catalizează adăugarea de ribonucleotide la capătul 3′ al secvenței în creștere a transcrisului de ARN.[7]

Pentru a-și iniția funcția, ARN-polimeraza trebuie să recunoască o secvență promotor⁠(d), localizată în apropierea situsului de inițiere a transcripției, care definește începutul genei. Acest proces este de obicei mediat și reglat de factori de transcripție. Transcripția se încheie la un situs terminator care definește celălalt capăt al genei; acest situs este adesea identificat prin secvențe de terminare.

Tipuri de transcrise ARN

[modificare | modificare sursă]

Aproape toate transcrisele funcționale provin din gene cunoscute. Singurele excepții sunt un număr mic de transcrise care pot juca un rol direct în reglarea expresiei genice în apropierea promotorilor genelor cunoscute (vezi Enhancer ARN⁠(d)).

Genele ocupă cea mai mare parte a genomurilor procariote, astfel încât cea mai mare parte a acestora este transcrisă. Multe genomuri eucariote sunt foarte mari, iar genele cunoscute pot ocupa doar o fracțiune din genom. La mamifere, de exemplu, genele cunoscute reprezintă doar 40–50% din genom.[8] Cu toate acestea, transcrisele identificate se mapează adesea pe o fracțiune mult mai mare a genomului, sugerând că transcriptomul conține numeroase transcrise spurioase care nu provin din gene. Unele dintre aceste transcrise sunt cunoscute ca fiind nefuncționale, deoarece se mapează pe pseudogene⁠(d) transcrise sau pe transpozoni⁠(d) degenerați și virusuri. Altele se mapează pe regiuni neidentificate ale genomului, care pot reprezenta ADN „junk”⁠(d).

Transcrierea spurioasă este foarte frecventă la eucariote, în special la cele cu genomuri mari, care pot conține cantități considerabile de ADN rezidual.[9][10][11][12] Unii oameni de știință susțin că, dacă unui transcript nu i-a fost atribuită o genă cunoscută, presupunerea implicită ar trebui să fie că acesta este ARN rezidual până când se demonstrează că este funcțional.[9][13] Aceasta ar însemna că o mare parte din transcriptomul speciilor cu genomuri mari este probabil ARN rezidual (vezi ARN necodant⁠(d)).

Transcriptomul include transcrisele genelor codante de proteine (ARNm plus introni), precum și transcrisele genelor necodante (ARN-uri funcționale plus introni).

Domeniul de studiu

[modificare | modificare sursă]

În genomul uman, toate genele sunt transcrise în ARN, deoarece aceasta este definiția moleculară a unei gene (vezi Genă). Transcriptomul este alcătuit din regiunile codante ale ARNm, plus regiunile necodante netraduse⁠(d) (UTR), introni, ARN-uri necodante și transcrise spurioase nefuncționale.

Mai mulți factori fac ca stabilirea conținutului transcriptomului să fie dificilă. Aceștia includ splicing alternativ, editare ARN⁠(d) și transcripția alternativă, printre altele.[15] În plus, tehnicile transcriptomice pot surprinde transcripția care are loc într-o probă la un moment specific, deși conținutul transcriptomului se poate modifica în timpul diferențierii.[6] Principalele obiective ale transcriptomicii sunt următoarele: „catalogarea tuturor speciilor de transcrise, inclusiv ARNm, ARN-uri necodante și ARN-uri mici; determinarea structurii transcripționale a genelor, în termeni de situsuri de inițiere, capete 5′ și 3′, tipare de splicing și alte modificări post-transcripționale; și cuantificarea nivelurilor de expresie în schimbare ale fiecărui transcript în timpul dezvoltării și în condiții diferite”.[16]

Termenul poate fi aplicat setului total de transcrise dintr-un anumit organism sau unui subset specific de transcrise prezente într-un anumit tip celular. Spre deosebire de genom, care este relativ fix pentru o linie celulară dată (excluzând mutațiile), transcriptomul poate varia în funcție de condițiile externe de mediu. Deoarece include toate transcrisele de ARNm din celulă, transcriptomul reflectă genele care sunt exprimate activ la un moment dat, cu excepția fenomenelor de degradare a ARNm, cum ar fi atenuarea transcripțională⁠(d). Studiul transcriptomicii⁠(d) (care include profilarea expresiei⁠(d), analiza variantelor de splicing etc.) examinează nivelul de expresie al ARN-urilor într-o populație celulară dată, adesea concentrându-se pe ARNm, dar uneori incluzând și altele, precum tRNA-urile și sRNA-urile.

Metode de construire

[modificare | modificare sursă]

Transcriptomica este știința cantitativă care presupune atribuirea unei liste de șiruri („citiri”/reads) unor obiecte („transcrise” din genom). Pentru a calcula nivelul de expresie, se numără densitatea citirilor corespunzătoare fiecărui obiect.[17] Inițial, transcriptomurile au fost analizate și studiate folosind biblioteci de expressed sequence tag⁠(d) (EST) și tehnici precum analiza serială a expresiei genice (SAGE).

În prezent, cele două principale tehnologii de transcriptomică⁠(d) sunt microarray-urile ADN⁠(d) și ARN-Seq. Ambele tehnici necesită izolarea ARN-ului prin metode de extracție ARN, urmată de separarea acestuia de alte componente celulare și îmbogățirea ARNm.[18][19]

Există două metode generale de deducere a secvențelor transcriptomului. O abordare mapează citirile de secvență pe un genom de referință, fie al organismului studiat, fie al unei specii apropiate. Cealaltă abordare, asamblarea transcriptomului de novo⁠(d), utilizează software pentru a deduce direct transcrisele din citiri scurte de secvență și este folosită la organisme ale căror genomuri nu sunt secvențiate.[20]

Microarray-uri ADN

[modificare | modificare sursă]
BERJAYA
Microarray ADN⁠(d) utilizat pentru detectarea expresiei genelor în probe umane (stânga) și de șoarece (dreapta)

Primele studii de transcriptom s-au bazat pe tehnici de microarray (cunoscute și sub denumirea de cipuri ADN). Microarray-urile constau din lame subțiri de sticlă pe care sunt dispuse puncte ce conțin oligonucleotide⁠(d), numite „sonde”; fiecare punct conține o secvență ADN cunoscută.[21]

În analiza microarray, ARNm este colectat dintr-o probă martor și una experimentală, aceasta din urmă fiind de obicei reprezentativă pentru o boală. ARN-ul de interes este convertit în ADNc pentru a-i crește stabilitatea și este marcat cu fluorofori⁠(d) de două culori, de regulă verde și roșu, pentru cele două grupuri. ADNc-ul este apoi aplicat pe suprafața microarray-ului, unde se hibridizează cu oligonucleotidele de pe cip, iar un laser este utilizat pentru scanare. Intensitatea fluorescenței la fiecare punct corespunde nivelului de expresie genică, iar pe baza culorii fluoroforilor se poate determina care probă prezintă niveluri mai ridicate ale ARNm de interes.[22]

Un microarray conține de obicei suficiente oligonucleotide pentru a reprezenta toate genele cunoscute; totuși, datele obținute prin microarray nu oferă informații despre gene necunoscute. În anii 2010, microarray-urile au fost aproape complet înlocuite de tehnici de nouă generație bazate pe secvențierea ADN.

Secvențierea ARN

[modificare | modificare sursă]

Secvențierea ARN este o tehnologie de secvențiere de nouă generație⁠(d); ca atare, necesită doar o cantitate mică de ARN și nu presupune cunoașterea prealabilă a genomului.[23] Aceasta permite atât analiza calitativă, prin descoperirea de transcrise noi, cât și analiza cantitativă, prin măsurarea cantităților relative ale transcriselor dintr-o probă.[24]

Cele trei etape principale ale secvențierii transcriptomului pentru orice probă biologică includ purificarea ARN-ului, sinteza unei biblioteci de ARN sau ADNc și secvențierea bibliotecii.[24] Procesul de purificare a ARN-ului diferă pentru ARN-urile scurte și cele lungi.[24] Această etapă este urmată, de obicei, de evaluarea calității ARN-ului, pentru a evita contaminanți precum ADN-ul sau contaminanți tehnici rezultați din procesarea probei. Calitatea ARN-ului este măsurată prin spectrometrie UV, cu un vârf de absorbție la 260 nm.[25] Integritatea ARN-ului poate fi analizată și cantitativ prin compararea raportului și intensității ARN 28S⁠(d) față de ARN 18S⁠(d), exprimate prin scorul RIN (RNA Integrity Number).[25]

Deoarece ARNm este specia de interes și reprezintă doar aproximativ 3% din conținutul total de ARN, proba trebuie tratată pentru a elimina rARN și tARN, precum și transcrisele ARN specifice țesutului.[25]

Etapa de pregătire a bibliotecii, care are ca scop obținerea de fragmente scurte de ADNc, începe cu fragmentarea ARN-ului în transcrise cu lungimi cuprinse între 50 și 300 de perechi de baze. Fragmentarea poate fi enzimatică (prin endonuclează ARN), chimică (tampon cu săruri de trismagneziu, hidroliză chimică) sau mecanică (sonicare, nebulizare).[26] Transcripția inversă⁠(d) este utilizată pentru a converti șabloanele de ARN în ADNc, iar pentru aceasta pot fi folosite trei metode de inițiere: oligo-dT, primeri aleatori sau ligarea unor oligonucleotide adaptor speciale.

Transcriptomică la nivel de celulă unică

[modificare | modificare sursă]

Transcripția poate fi studiată și la nivelul celulelor individuale prin transcriptomică la nivel de celulă unică⁠(d). Secvențierea ARN la nivel de celulă unică (scARN-seq) este o tehnică dezvoltată recent care permite analiza transcriptomului celulelor individuale, inclusiv al bacteriilor.[27] Prin transcriptomica la nivel de celulă unică sunt luate în considerare și subpopulațiile de tipuri celulare care alcătuiesc țesutul de interes.[28] Această abordare permite identificarea dacă modificările observate în probele experimentale se datorează schimbărilor fenotipice celulare, spre deosebire de proliferare, caz în care un anumit tip celular poate fi supraexprimat în probă.[29] În plus, la evaluarea progresiei celulare prin diferențiere⁠(d), profilurile medii de expresie pot ordona celulele doar în funcție de timp, nu și de stadiul de dezvoltare, fiind astfel incapabile să evidențieze tendințe ale nivelurilor de expresie genică specifice anumitor etape.[30]

Tehnicile transcriptomice la nivel de celulă unică au fost utilizate pentru caracterizarea populațiilor celulare rare, precum celulele tumorale circulante⁠(d), celulele stem canceroase din tumorile solide și celulele stem embrionare (ESC) din blastocistele⁠(d) mamiferelor.[28]

Deși nu există tehnici standardizate pentru transcriptomica la nivel de celulă unică, sunt necesari mai mulți pași. Primul pas constă în izolarea celulelor, care poate fi realizată prin tehnici cu randament scăzut sau ridicat. Urmează o etapă de qPCR și apoi secvențierea ARN la nivel de celulă unică, în care ARN-ul de interes este convertit în ADNc. Dezvoltările mai recente permit păstrarea localizării tisulare și subcelulare prin criotăierea unor secțiuni subțiri de țesut și secvențierea transcriptomului în fiecare secțiune. O altă tehnică permite vizualizarea transcriselor individuale la microscop, păstrând informația spațială a fiecărei celule în care acestea sunt exprimate.[28]

Analiză

[modificare | modificare sursă]

Au fost construite și adnotate numeroase baze de date ale transcriptomului specifice organismelor, pentru a facilita identificarea genelor exprimate diferențial în populații celulare distincte.

RNA-seq se conturează (din 2013) ca metoda preferată pentru măsurarea transcriptomurilor organismelor, deși tehnica mai veche a microarray-urilor ADN⁠(d) este încă utilizată.[16] RNA-seq măsoară transcripția unei gene specifice prin convertirea ARN-urilor lungi într-o bibliotecă de fragmente de ADNc⁠(d). Fragmentele de ADNc sunt apoi secvențiate folosind tehnologii de secvențiere cu randament ridicat și aliniate la un genom sau transcriptom de referință, care este ulterior utilizat pentru a crea un profil de expresie genică.[16]

Aplicații

[modificare | modificare sursă]

Oameni

[modificare | modificare sursă]

Numărul secvențelor de ARN codante de proteine⁠(d) exprimate de fiecare organ variază semnificativ între organe și depinde, de asemenea, de definițiile și metodologia utilizate. În general, creierul, testiculele și sistemul limfatic prezintă cea mai mare activitate, iar endometrul⁠(d), vezica biliară, veziculele seminale și mușchiul neted⁠(d) cea mai redusă.[31]

Mamifere Transcriptomurile celulelor stem și ale celulelor de cancer sunt de interes deosebit pentru cercetători, care urmăresc să înțeleagă procesele de diferențiere celulară⁠(d) și carcinogeneză⁠(d). Profilarea transcriptomică este studiată ca instrument pentru tratamentul cancerului, prin corelarea profilurilor genetice cu terapii recomandate.[32][33] Aceasta demonstrează transcriptomica drept un instrument puternic pentru dezvoltarea tratamentelor personalizate ale cancerului. Un flux de lucru care utilizează date RNA-seq sau microarray poate fi folosit pentru a urmări modificările genetice care apar în celulele stem și celulele precursoare⁠(d) și necesită cel puțin trei seturi independente de date de expresie genică din celulele stem și din celulele mature.[34]

Analiza transcriptomurilor ovocitelor⁠(d) umane și ale embrionilor⁠(d) este utilizată pentru a înțelege mecanismele moleculare și căile de semnalizare care controlează dezvoltarea embrionară timpurie și ar putea fi, teoretic, un instrument puternic pentru realizarea unei selecții adecvate a embrionilor în cadrul fertilizării in vitro.[35] Analizele conținutului transcriptomic al placentei din primul trimestru de sarcină, în contextul fertilizării in vitro și transferului embrionar (IVT-ET), au evidențiat diferențe de expresie genetică asociate cu o frecvență mai mare a rezultatelor perinatale adverse. Astfel de informații pot fi utilizate pentru optimizarea practicilor clinice.[36] Analizele transcriptomului pot fi utilizate și pentru optimizarea crioconservării ovocitelor, prin reducerea leziunilor asociate procesului.[37]

Transcriptomica este un domeniu emergent și în continuă expansiune în descoperirea de biomarkeri, utilizați pentru evaluarea siguranței medicamentelor sau pentru evaluarea riscului chimic.[38]

Transcriptomurile pot fi folosite și pentru a deduce relații filogenetice⁠(d) între indivizi sau pentru a detecta tipare evolutive de conservare a transcriptomului.[39]

Analizele transcriptomice au fost utilizate pentru a descoperi incidența transcripției antisens, rolul acesteia în expresia genică prin interacțiunea cu genele învecinate și abundența sa pe diferiți cromozomi.[40] RNA-seq a fost utilizat, de asemenea, pentru a arăta cum izoformele ARN, adică transcrise provenite din aceeași genă dar cu structuri diferite, pot produce fenotipuri complexe din genomuri limitate.[41]

Plante

[modificare | modificare sursă]

Analiza transcriptomului a fost utilizată pentru studierea evoluției și a procesului de diversificare al speciilor de plante. În 2014 a fost finalizat Proiectul celor 1000 de Genomuri ale Plantelor⁠(d), în cadrul căruia au fost secvențiate transcriptomurile a 1.124 de specii de plante din familiile Viridiplantae⁠(d), Glaucophyta⁠(d) și Rhodophyta. Secvențele codante de proteine au fost ulterior comparate pentru a deduce relațiile filogenetice dintre plante și pentru a caracteriza momentul divergenței genetice⁠(d) în procesul evolutiv.[42]

Studiile transcriptomice au fost utilizate pentru caracterizarea și cuantificarea expresiei genice în polenul matur. Genele implicate în metabolismul peretelui celular și în citoschelet au fost identificate ca fiind supraexprimate. Abordările transcriptomice au permis, de asemenea, urmărirea modificărilor expresiei genice de-a lungul diferitelor stadii de dezvoltare ale polenului, de la microspor la granulele de polen matur; în plus, aceste stadii pot fi comparate între specii diferite de plante, inclusiv Arabidopsis⁠(d), orez și tutun.[43]

Relația cu alte domenii „-ome”

[modificare | modificare sursă]

La fel ca alte tehnologii bazate pe -ome⁠(d), analiza transcriptomului permite o abordare nepartinitoare în validarea experimentală a ipotezelor. Această abordare permite, de asemenea, descoperirea de mediatori noi în căile de semnalizare.[17] Ca și în cazul altor tehnologii -omics, transcriptomul poate fi analizat în cadrul unei abordări multiomics⁠(d). Este complementar metabolomicii, însă, spre deosebire de proteomică, nu se poate stabili o asociere directă între un transcript și un metabolit.

Există mai multe domenii „-ome” care pot fi considerate subcategorii ale transcriptomului. Exomul⁠(d) diferă de transcriptom prin faptul că include doar moleculele de ARN găsite într-o populație celulară specificată și, de obicei, include și cantitatea sau concentrația fiecărei molecule de ARN, pe lângă identitatea moleculară. De asemenea, transcriptomul diferă de translatom⁠(d), care reprezintă setul de ARN-uri aflate în curs de traducere.

Termenul meiom este utilizat în genomică funcțională⁠(d) pentru a descrie transcriptomul meiotic sau setul de transcrise ARN produse în timpul procesului de meioză.[44] Meioza este o caracteristică-cheie a eucariotelor cu reproducere sexuală și implică împerecherea cromozomilor omologi⁠(d), sinapsa și recombinarea. Deoarece meioza are loc într-un interval de timp scurt la majoritatea organismelor, profilarea transcriptomică meiotică este dificilă din cauza provocărilor legate de izolarea (sau îmbogățirea) meiocitelor⁠(d). Ca și în cazul analizelor transcriptomice, meiomul poate fi studiat la nivelul întregului genom folosind tehnici transcriptomice la scară largă.[45] Meiomul a fost bine caracterizat la mamifere și drojdii și ceva mai puțin extins la plante.[46]

Thanatotranscriptomul⁠(d) constă din toate transcrisele ARN care continuă să fie exprimate sau care încep să fie reexprimate în organele interne ale unui corp decedat la 24–48 de ore după deces. Unele gene includ pe cele care sunt inhibate după dezvoltarea fetală⁠(d). Dacă thanatotranscriptomul este legat de procesul de moarte celulară programată (apoptoză), acesta poate fi denumit thanatotranscriptom apoptotic. Analizele thanatotranscriptomului sunt utilizate în medicină legală.[47]

Cartografierea eQTL⁠(d) poate fi utilizată pentru a completa genomica cu transcriptomica, corelând variantele genetice la nivel de ADN cu măsurători ale expresiei genice la nivel de ARN.[48]

Relația cu proteomul

[modificare | modificare sursă]
Vezi și: Proteom.

Transcriptomul poate fi considerat un subset al proteomului⁠(d), adică ansamblul complet al proteinelor exprimate de un genom.

Totuși, analiza nivelurilor relative de expresie ale ARNm poate fi complicată de faptul că modificări relativ mici ale expresiei ARNm pot produce schimbări mari în cantitatea totală a proteinei corespunzătoare prezente în celulă. O metodă de analiză, cunoscută sub numele de analiza îmbogățirii seturilor de gene⁠(d), identifică rețele de gene coreglate, mai degrabă decât gene individuale supra- sau subexprimate în diferite populații celulare.

Deși studiile bazate pe microarray pot evidenția cantitățile relative ale diferitelor ARNm-uri din celulă, nivelurile de ARNm nu sunt direct proporționale cu nivelul de expresie al proteinelor pe care le codifică.[49] Numărul de molecule proteice sintetizate folosind o anumită moleculă de ARNm ca șablon depinde în mare măsură de caracteristicile de inițiere a traducerii ale secvenței ARNm; în special, eficiența secvenței de inițiere a traducerii este un determinant-cheie pentru recrutarea ribozomilor în procesul de translație proteică.

Baze de date ale transcriptomului

[modificare | modificare sursă]

Vezi și

[modificare | modificare sursă]

Note

[modificare | modificare sursă]
  1. 1 2 3 4 Jiménez-Chillarón, Josep C.; Díaz, Rubén; Ramón-Krauel, Marta (), „Omics Tools for the Genome-Wide Analysis of Methylation and Histone Modifications”, Comprehensive Analytical Chemistry (în engleză), Elsevier, 63, pp. 81–110, doi:10.1016/b978-0-444-62651-6.00004-0, ISBN 978-0-444-62651-6, accesat în
  2. ↑ Sim, G.K.; Kafatos, F.C.; Jones, C.W.; Koehler, M.D.; Efstratiadis, A.; Maniatis, T. (1979-12), „Use of a cDNA library for studies on evolution and developmental expression of the chorion multigene families”, Cell (în engleză), 18 (4), pp. 1303–1316, doi:10.1016/0092-8674(79)90241-1, accesat în 11 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  3. ↑ Pertea, Mihaela (), „The Human Transcriptome: An Unfinished Story”, Genes (în engleză), 3 (3), pp. 344–360, doi:10.3390/genes3030344, ISSN 2073-4425, PMC 3422666 Accesibil gratuit, PMID 22916334, accesat în
  4. ↑ Govindarajan, Rajeshwar; Duraiyan, Jeyapradha; Kaliyappan, Karunakaran; Palanisamy, Murugesan (2012-08), „Microarray and its applications”, Journal of Pharmacy and Bioallied Sciences (în engleză), 4 (Suppl 2), pp. S310–S312, doi:10.4103/0975-7406.100283, ISSN 0976-4879, PMC 3467903 Accesibil gratuit, PMID 23066278, accesat în 11 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  5. ↑ Brown, TA (). „Chapter 12: Transcriptomics”. Genomes 4. New York, NY, USA: Garland Science. ISBN 978-0-8153-4508-4.
  6. 1 2 Peralta, Mihaela (). „The Human Transcriptome: An Unfinished Story”. Genes. 3 (3): 344–360. doi:10.3390/genes3030344 Accesibil gratuit. PMC 3422666 Accesibil gratuit. PMID 22916334.
  7. ↑ Clancy, Suzanne (). „DNA Transcription”. Nature Education. 1 (11): 41.
  8. ↑ Francis WR, Wörheide G (iunie 2017). „Similar Ratios of Introns to Intergenic Sequence across Animal Genomes”. Genome Biology and Evolution. 9 (6): 1582–1598. doi:10.1093/gbe/evx103. PMC 5534336 Accesibil gratuit. PMID 28633296.
  9. 1 2 van Bakel H, Nislow C, Blencowe BJ, and Hughes TR (). „Response to "the reality of pervasive transcription”. PLOS Biology. 9 (7). doi:10.1371/journal.pbio.1001102 Accesibil gratuit. PMC 3134445 Accesibil gratuit. Parametru necunoscut |article-number= ignorat (ajutor)
  10. ↑ Jensen TH, Jacquier A, and Libri D (). „Dealing with pervasive transcription”. Molecular Cell. 52 (4): 473–484. doi:10.1016/j.molcel.2013.10.032 Accesibil gratuit. PMID 24267449.
  11. ↑ Sverdlov, Eugene (). „Transcribed Junk Remains Junk If It Does Not Acquire A Selected Function in Evolution”. BioEssays. 39 (12). doi:10.1002/bies.201700164. PMID 29071727. Parametru necunoscut |article-number= ignorat (ajutor)
  12. ↑ Wade JT, and Grainger DC (). „Spurious transcription and its impact on cell function”. Transcription. 9 (3): 182–189. doi:10.1080/21541264.2017.1381794. PMC 5927700 Accesibil gratuit. PMID 28980880.
  13. ↑ Palazzo AF, and Lee ES (). „Non-coding RNA: what is functional and what is junk?”. Frontiers in Genetics. 6: 2. doi:10.3389/fgene.2015.00002 Accesibil gratuit. PMC 4306305 Accesibil gratuit. PMID 25674102.
  14. ↑ Cellerino, Alessandro; Sanguanini, Michele (), Transcriptome Analysis: Introduction and Examples from the Neurosciences (în engleză), Scuola Normale Superiore, doi:10.1007/978-88-7642-642-1, ISBN 978-88-7642-641-4, accesat în
  15. ↑ U. Adams, Jill (). „Transcriptome: Connecting the Genome to Gene Function”. Nature Education. 1 (1): 195.
  16. 1 2 3 Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael (ianuarie 2009). „RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics”. Nature Reviews Genetics. 10 (1): 57–63. doi:10.1038/nrg2484. PMC 2949280 Accesibil gratuit. PMID 19015660.
  17. 1 2 Cellerino & Sanguanini 2018, p. preface.
  18. ↑ Bryant S, Manning DL (). „Isolation of messenger RNA”. RNA Isolation and Characterization Protocols. Methods in Molecular Biology. 86. pp. 61–4. doi:10.1385/0-89603-494-1:61. ISBN 978-0-89603-494-5. PMID 9664454.
  19. ↑ Chomczynski P, Sacchi N (aprilie 1987). „Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction”. Analytical Biochemistry. 162 (1): 156–9. doi:10.1016/0003-2697(87)90021-2. PMID 2440339.
  20. ↑ Tachibana, Chris (). „Transcriptomics today: Microarrays, RNA-seq, and more”. Science Magazine. 349 (6247): 544. Bibcode:2015Sci...349..544T. Accesat în .
  21. ↑ Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. (). „Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray”. Science. New York, N.Y. 270 (5235): 467–470. Bibcode:1995Sci...270..467S. doi:10.1126/science.270.5235.467. ISSN 0036-8075. PMID 7569999.
  22. ↑ Govindarajan, Rajeshwar; Duraiyan, Jeyapradha; Kaliyappan, Karunakaran; Palanisamy, Murugesan (). „Microarray and its applications”. Journal of Pharmacy and Bioallied Sciences. 4 (6): S310–2. doi:10.4103/0975-7406.100283 Accesibil gratuit. PMC 3467903 Accesibil gratuit. PMID 23066278.
  23. ↑ Jiménez-Chillarón, Josep C.; Díaz, Rubén; Ramón-Krauel, Marta (). „Chapter 4 - Omics Tools for the Genome-Wide Analysis of Methylation and Histone Modifications”Necesită abonament cu plată. Comprehensive Analytical Chemistry. 64: 81–110. doi:10.1016/B978-0-444-62651-6.00004-0. ISBN 978-0-444-62651-6. Accesat în .
  24. 1 2 3 Cellerino & Sanguanini 2018, p. 12.
  25. 1 2 3 Cellerino & Sanguanini 2018, p. 13.
  26. ↑ Cellerino & Sanguanini 2018, p. 18.
  27. ↑ Toledo-Arana A, Lasa I (martie 2020). „Advances in bacterial transcriptome understanding: From overlapping transcription to the excludon concept”. Mol Microbiol. 113 (3): 593–602. doi:10.1111/mmi.14456. PMC 7154746 Accesibil gratuit. PMID 32185833.
  28. 1 2 3 Kanter, Itamar; Kalisky, Tomer (), „Single Cell Transcriptomics: Methods and Applications”, Frontiers in Oncology, 5, doi:10.3389/fonc.2015.00053, ISSN 2234-943X, PMC 4354386 Accesibil gratuit, PMID 25806353, accesat în
  29. ↑ Stegle, Oliver; Teichmann, Sarah A.; Marioni, John C. (2015-03), „Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics”, Nature Reviews Genetics (în engleză), 16 (3), pp. 133–145, doi:10.1038/nrg3833, ISSN 1471-0056, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  30. ↑ Trapnell, Cole (2015-10), „Defining cell types and states with single-cell genomics”, Genome Research (în engleză), 25 (10), pp. 1491–1498, doi:10.1101/gr.190595.115, ISSN 1088-9051, PMC 4579334 Accesibil gratuit, PMID 26430159, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  31. ↑ Uhlén, Mathias; Fagerberg, Linn; Hallström, Björn M.; Lindskog, Cecilia; Oksvold, Per; Mardinoglu, Adil; Sivertsson, Åsa; Kampf, Caroline; Sjöstedt, Evelina (), „Tissue-based map of the human proteome”, Science (în engleză), 347 (6220), doi:10.1126/science.1260419, ISSN 0036-8075, accesat în
  32. ↑ Weidenbusch, Bushra; Richter, Günther H.S.; Kesper, Marie Sophie; Guggemoos, Monika; Gall, Katja; Prexler, Carolin; Kazantsev, Ilya; Sipol, Alexandra; Lindner, Lars (), „Transcriptome based individualized therapy of refractory pediatric sarcomas: feasibility, tolerability and efficacy”, Oncotarget (în engleză), 9 (29), pp. 20747–20760, doi:10.18632/oncotarget.25087, ISSN 1949-2553, PMC 5945512 Accesibil gratuit, PMID 29755686, accesat în
  33. ↑ Rodon, Jordi; Soria, Jean-Charles; Berger, Raanan; Miller, Wilson H.; Rubin, Eitan; Kugel, Aleksandra; Tsimberidou, Apostolia; Saintigny, Pierre; Ackerstein, Aliza (2019-05), „Genomic and transcriptomic profiling expands precision cancer medicine: the WINTHER trial”, Nature Medicine (în engleză), 25 (5), pp. 751–758, doi:10.1038/s41591-019-0424-4, ISSN 1078-8956, PMC 6599610 Accesibil gratuit, PMID 31011205, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  34. ↑ Godoy, Patricio; Schmidt-Heck, Wolfgang; Hellwig, Birte; Nell, Patrick; Feuerborn, David; Rahnenführer, Jörg; Kattler, Kathrin; Walter, Jörn; Blüthgen, Nils (), „Assessment of stem cell differentiation based on genome-wide expression profiles”, Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences (în engleză), 373 (1750), p. 20170221, doi:10.1098/rstb.2017.0221, ISSN 0962-8436, PMC 5974444 Accesibil gratuit, PMID 29786556, accesat în
  35. ↑ Zhang, Yaoyao; Yan, Zhiqiang; Qin, Qingyuan; Nisenblat, Vicki; Chang, Hsun-Ming; Yu, Yang; Wang, Tianren; Lu, Cuiling; Yang, Ming (), „Transcriptome Landscape of Human Folliculogenesis Reveals Oocyte and Granulosa Cell Interactions”, Molecular Cell, 72 (6), pp. 1021–1034.e4, doi:10.1016/j.molcel.2018.10.029, ISSN 1097-2765, accesat în
  36. ↑ Zhao, Liang; Zheng, Xiuli; Liu, Jingfang; Zheng, Rong; Yang, Rui; Wang, Ying; Sun, Lifang (2019-12), „The placental transcriptome of the first-trimester placenta is affected by in vitro fertilization and embryo transfer”, Reproductive Biology and Endocrinology (în engleză), 17 (1), doi:10.1186/s12958-019-0494-7, ISSN 1477-7827, PMC 6604150 Accesibil gratuit, PMID 31262321, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  37. ↑ Eroglu, Binnur; Szurek, Edyta A.; Schall, Peter; Latham, Keith E.; Eroglu, Ali (), Drevet, Joël R., ed., „Probing lasting cryoinjuries to oocyte-embryo transcriptome”, PLOS ONE (în engleză), 15 (4), pp. e0231108, doi:10.1371/journal.pone.0231108, ISSN 1932-6203, PMC 7135251 Accesibil gratuit, PMID 32251418, accesat în
  38. ↑ Szabo, David T. (), „Transcriptomic biomarkers in safety and risk assessment of chemicals”, Biomarkers in Toxicology (în engleză), Elsevier, pp. 1033–1038, doi:10.1016/b978-0-12-404630-6.00062-2, ISBN 978-0-12-404630-6, accesat în
  39. ↑ Drost, Hajk-Georg; Gabel, Alexander; Grosse, Ivo; Quint, Marcel (2015-05), „Evidence for Active Maintenance of Phylotranscriptomic Hourglass Patterns in Animal and Plant Embryogenesis”, Molecular Biology and Evolution (în engleză), 32 (5), pp. 1221–1231, doi:10.1093/molbev/msv012, ISSN 1537-1719, PMC 4408408 Accesibil gratuit, PMID 25631928, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  40. ↑ Katayama, S.; Tomaru, Y.; Kasukawa, T.; Waki, K.; Nakanishi, M.; Nakamura, M.; Nishida, H.; Yap, C. C.; Suzuki, M. (), „Antisense Transcription in the Mammalian Transcriptome”, Science (în engleză), 309 (5740), pp. 1564–1566, doi:10.1126/science.1112009, ISSN 0036-8075, accesat în
  41. ↑ Tachibana, Chris (2015-07), „Transcriptomics today: Microarrays, RNA-seq, and more”, Science (în engleză), 349 (6247), pp. 544–546, ISSN 0036-8075, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  42. ↑ One Thousand Plant Transcriptomes Initiative (), „One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants”, Nature (în engleză), 574 (7780), pp. 679–685, doi:10.1038/s41586-019-1693-2, ISSN 0028-0836, PMC 6872490 Accesibil gratuit, PMID 31645766, accesat în
  43. ↑ Rutley, Nicholas; Twell, David (2015-06), „A decade of pollen transcriptomics”, Plant Reproduction (în engleză), 28 (2), pp. 73–89, doi:10.1007/s00497-015-0261-7, ISSN 2194-7953, PMC 4432081 Accesibil gratuit, PMID 25761645, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  44. ↑ Crismani, Wayne; Baumann, Ute; Sutton, Tim; Shirley, Neil; Webster, Tracie; Spangenberg, German; Langridge, Peter; Able, Jason A (2006-12), „Microarray expression analysis of meiosis and microsporogenesis in hexaploid bread wheat”, BMC Genomics (în engleză), 7 (1), doi:10.1186/1471-2164-7-267, ISSN 1471-2164, PMC 1647286 Accesibil gratuit, PMID 17052357, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  45. ↑ Bovill, William D.; Deveshwar, Priyanka; Kapoor, Sanjay; Able, Jason A. (2009-05), „Whole genome approaches to identify early meiotic gene candidates in cereals”, Functional & Integrative Genomics (în engleză), 9 (2), pp. 219–229, doi:10.1007/s10142-008-0097-4, ISSN 1438-793X, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  46. ↑ Deveshwar, Priyanka; Bovill, William D; Sharma, Rita; Able, Jason A; Kapoor, Sanjay (2011-12), „Analysis of anther transcriptomes to identify genes contributing to meiosis and male gametophyte development in rice”, BMC Plant Biology (în engleză), 11 (1), doi:10.1186/1471-2229-11-78, ISSN 1471-2229, PMC 3112077 Accesibil gratuit, PMID 21554676, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  47. ↑ Javan, Gulnaz T.; Can, Ismail; Finley, Sheree J.; Soni, Shivani (2015-12), „The apoptotic thanatotranscriptome associated with the liver of cadavers”, Forensic Science, Medicine, and Pathology (în engleză), 11 (4), pp. 509–516, doi:10.1007/s12024-015-9704-6, ISSN 1547-769X, accesat în 12 februarie 2026 Verificați datele pentru: |date= (ajutor)
  48. ↑ Manzoni, Claudia; Kia, Demis A; Vandrovcova, Jana; Hardy, John; Wood, Nicholas W; Lewis, Patrick A; Ferrari, Raffaele (), „Genome, transcriptome and proteome: the rise of omics data and their integration in biomedical sciences”, Briefings in Bioinformatics (în engleză), 19 (2), pp. 286–302, doi:10.1093/bib/bbw114, ISSN 1467-5463, PMC 6018996 Accesibil gratuit, PMID 27881428, accesat în
  49. ↑ Schwanhäusser, Björn; Busse, Dorothea; Li, Na; Dittmar, Gunnar; Schuchhardt, Johannes; Wolf, Jana; Chen, Wei; Selbach, Matthias (), „Global quantification of mammalian gene expression control”, Nature (în engleză), 473 (7347), pp. 337–342, doi:10.1038/nature10098, ISSN 0028-0836, accesat în

Lectură suplimentară

[modificare | modificare sursă]

Altele

Adus de la https://ro.wikipedia.org/w/index.php?title=Transcriptom&oldid=17512551